Как и весь Черноморский флот, до самого раздела в 1997 году корабельного состава между Россией и Украиной, "Березина" несла Военно-Морской флаг переставшей существовать страны - СССР, после чего на ней был поднят Андреевский (в обоих случаях это были изображения флагов на синем фоне вспомогательного флота). Однако и после перехода российской части Черноморского флота под Андреевский флаг дела на нем лучше не стали.

Лишенный финансирования, этот флот достаточно быстро сокращался. Один за другим разоружались и уходили мимо стоявшего у причала на Троицкой бывшего ККС под буксирами на разборку в инкерманскую базу "Вторчермета" или за границу те корабли, с которыми в прежние времена "Березине" приходилось нести боевую службу далеко от крымских берегов:

"Адмирал Ушаков", "Москва", "Ленинград", "Азов", "Бравый", "Сознательный", "Красный Кавказ", "Красный Крым", "Комсомолец Украины", "Скорый"... ККС же, ошвартованный кормой к причалу на Троицкой, казалось, продолжал жить прежней жизнью - на нем продолжалась служба, а в дни флотских праздников корабль по-прежнему украшался флагами расцвечивания.

Вот только борта давно не ремонтировавшейся "Березины" постепенно покрывались ржавчиной да выступающая высоко над водой ватерлиния выдавала смертельный холод навсегда опустевших трюмов и хранилищ, совсем недавно обильно питавших корабли советской Средиземноморской эскадры. С 1 декабря 1996 года ККС "Березина" был переформирован в одноименный морской транспорт вооружения (МТВ), разоружен и с тех пор отстаивался в Севастополе уже с гражданской командой сокращенного состава на борту.

Последним командиром, а точнее, капитаном МТВ "Березина" стал капитан дальнего плавания В.В.Петров, принявший в 1997 году корабль у его последнего командира, капитана 1-го ранга Г. С. Айрияна. С переформированием "Березина" фактически превратилась в заурядный плавучий склад в составе Черноморского флота, поскольку в море больше не выходила.

Тем не менее моряки по мере возможности старались поддерживать ГЭУ в исправности и все еще надеялись на то, что когда-нибудь их корабль будет востребован флотом... Увы, сбыться этим надеждам было не суждено. В марте 2002 года МТВ "Березина" спустил флаг, будучи исключен из списков флота, и продан на слом частной турецкой компании.